Juanma, busca el programa CCleaner, descargalo y ejecutalo. Te limpia de errores el registro de Windows y demás yerbas. Si borraste todo, como comentaste, este programa encontrará las entradas en el registro para las cuales ya no hay archivos y te las puede borrar, guardando un backup previamente. Te vas a sorprender de la cantidad de software que deja basura en el registro de Windows.
No olvides aceptar hacer el backup, así, por cualquier cosa, si se rompe algo podes volver atras.
Es muy fácil e intuitivo el uso, suerte